Fue creado el 13 de Diciembre de 1971, dentro de la Aprobación del Plan de Estructuración del Programa Académico de Ciencias Físico-Matemáticas según resolución Nº CG-110-71; luego, mediante resolución Nº CU-056-91 se aprueba el Proyecto para la Creación del Departamento Académico de Informática para ser elevado a Asamblea Universitaria y es Reaperturado el 22 de Enero de 1993 mediante resolución del Consejo Universitario Nº CU-009-93. Se aprueba el Proyecto de Acreditación de la Carrera Profesional de Ingeniería Informática y de Sistemas el 28 de noviembre del año 2013 por resolución Nº R-2193-2013-UNSAAC. Finalmente con nuevo Currículo de Estudios, con fecha 10 de septiembre del año 2014, es aprobado por resolución CU-232-2014-UNSAAC.
Con la Ley Universitaria Nº 30220, Aprobado el Estatuto, la Asamblea Estatutaria asume funciones de la Asamblea Universitaria, instalándose el 14 de agosto del 2015 y mediante Resolución Nº 002-2015-AU-UNSAAC de 20 de agosto de 2015, se produce encargatura de Decanatos. En caso de la Carrera Profesional de Ingeniería Informática y de Sistemas, se convierte parte de la Facultad denominada "Facultad de Ingeniería Eléctrica, Electrónica, Informática y de Sistemas" con nombre de "Escuela Profesional de Ingeniería Informática y de Sistemas".
La misión y visión de Escuela Profesional de Ingeniería Informática y de Sistemas se centran en formar profesionales comprometidos con la ética, la excelencia y el desarrollo social. Su enfoque académico busca contribuir al progreso de la sociedad a través del conocimiento y la innovación en su campo de estudio.
La Carrera Profesional de Ingeniería Informática y de Sistemas realiza y fomenta la investigación haciendo cursos y conferencia así como la coordinación permanente con nuestros docentes y alumnos, así es como promovemos la investigación de las tesis y su conclusión.
La Carrera Profesional de Ingeniería Informática y de Sistemas es un ente, que se encarga del desarrollo de la informática en nuestra región, haciendo que el campo de la computación sea una medio más para el desarrollo de nuestra sociedad, así como fomentar la investigación y el desarrollo de software de la región Cusco.
Esta sección incluye a los responsables de la gestión académica y administrativa, quienes lideran y supervisan el desarrollo de nuestra Escuela Profesional.